Вторичная структура генома ВИЧ полностью расшифрована

Для хранения генетической информации ВИЧ, как и многие другие вирусы, использует однонитевые РНК, причем в кодировании данных участвуют как нуклеотидная последовательность (на каждой из двух содержащихся внутри капсида нитей РНК располагается около 10 тысяч нуклеотидов), так и элементы вторичной структуры (петли, стебли «шпильки»), формируемой с помощью водородных связей. Ранее ученые анализировали лишь небольшие участки генома, не получая данных об общей структуре.

Авторы рассматриваемой работы применили оригинальную технологию исследования РНК, получившую название SHAPE (high-throughput selective 2'-hydroxyl acylation analysed by primer extension, высокопроизводительное выборочное ацилирование, анализируемое методом удлинения праймера). В основу методики положен тот факт, что способность нуклеотидов исследуемой молекулы взаимодействовать с определенными химическими веществами зависит от того, участвует ли данный нуклеотид в образовании элементов вторичной структуры.

Построив на базе собранных данных модель генома вируса, авторы выявили сложную структуру тех участков РНК, которые кодируют протеины. По мнению ученых, обнаруженные структурные элементы должны каким-то образом воздействовать на процессы трансляции и сворачивания белков.

«Наконец-то мы начинаем понимать, какие «уловки» помогают вирусу преодолевать защитные системы организма человека», — заключает один из участников исследования Кевин Уикс (Kevin Weeks).

Полная версия отчета ученых опубликована в журнале Nature.

Дмитрий Сафин, Компьюлента